キュービクル式の非常用発電設備を前提として記載します。

１、室内設置の発電設備の場合、外部に給排気で外壁を貫通するものとして、
　　エンジン排気管、ラジエータ冷却用の給気、排風ダクト
　　（ラジエータ冷却式の場合）、発電設備を設置した室の換気設備が
　　考えられます。

２、これらは基本的に、開口部として扱います。
　　関連法令は建基法施行令第二十条の三 第2項 三号、同施行令第百九条 第1項、
　　昭和45年 建設省告示第1826号などです。

３、エンジンの排気管は、上記の告示 第4 第二号の規定によりFDは不要
　　（むしろFDがあると成り立たない・当たり前ですが）と考えられる、
　　という見解が、総務省消防庁より示されています。
　　なお、発電機の排気筒を別途建築工事で用意した煙突等と接続する場合、
　　建基法施行令第百十五条も考慮する必要があるでしょう。

４、給気および排気口の場合は、建基法施行令第百九条 第1項の防火設備の
　　規定や、消防法施行規則第十二条 第1項 第四号のいわゆる専用不燃区画の
　　規定を考えれば、開口部が延焼ラインに掛かる場合はFDを設置する事に
　　なります。

５、しかしラジエータ冷却式の場合にFDを設置したら当然成り立ちませんから、
　　この場合は開口部を延焼ラインに掛からない位置とする為に開口部の
　　位置をずらす、発電機室を最上階へ設けて屋上ハト小屋部分から給気や
　　排気を行うなどするか、もしくは発電機ごと屋上へ持って行く方が
　　面倒な事になりません。

６、どうしても発電設備を室内に設置して、延焼ラインに掛かる位置に開口部を
　　設けたい場合、建基法施行令第百九条 第2項に基づく防火上有効な壁を
　　設ける方法も考えられなくはないでしょう。

FDも防火上有効な壁も作りたくない、となると、条例ならばともかく
建基法に防火設備を求める条文がある以上、交渉は難しい様に思います。
（キュービクル式の場合はFDが内蔵されているとは言え、それは
　あくまで消防法に基づく物です）
私は今までの所、延焼ラインを外してガラリを設ける、発電機を屋上へ
設置する、の何れかで設計しています。